Nama Desa Pledo diambil dari nama tempat keramat yang bernama “Pledo”. Sejarah pembentukkan Desa Pledo tidak terpisahkan dari sejarah terbentuknya Kecamatan Adonara Timur dan Kecamatan lain di Kab. Flores Timur, berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Nusa Tenggara Timur tanggal 22 Februari 1962, Nomor: Pem.66/1/2 tentang pembentukkan 64 kecamatan dalam Provinsi Nusa Tenggara Timur maka, Kab. Flores Timur dibagi menjadi 19 Kec, antara lain Kec. Larantuka; Kec. Ile Mandiri; Kec. Tanjung Buga; Kec. Demon Pagong; Kec. Lewolema; Kec. Titehena; Kec. Wulan Gitang; Kec Ile Bura, Kec. Adonara, Kec. Adonara tengah, Kec. Wotan Ulumado, Kec. Witihama, Kec. Ile Boleng, Kec. Kelubagolit, Kec. Solor Timur, Kec. Solor Barat, Kec. Solor Selatan, Adonara Barat.
Pada masa itu, Kecamatan Witihama membawahi sepuluh Desa dan salah satunya yaitu Desa Pledo yang dibentuk berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Nom: Pem.66/1/33/1962 tanggal 28 Februari 1962 dan Instruksi Gubernur NTT No. Und.2/1/27/1964 tanggal 4 November 1964 tentang pembentukkan Desa Gaya Baru. Desa Pledo saat itu terbentuk dari beberapa perkampungan yakni kampong Baru, Lewowuun dan Lamaleka yang dipimpin oleh bapak Ahmad Lipa Lebu sebagai Kepala Desa.Sejalan dengan mekarnya wilayah Kec. Witihama maka Desa Pledo kemudian dimekarkan menjadi dua Desa yaitu Desa Pledo dan Desa Lamaleka. Hingga saat ini Desa Pledo berdiri dengan 3 Dusun di dalamnya.
Sejak berdirinya (tahun 1964) hinggah kini, Desa Pledo sudah mengalami 10 (Sepuluh) kali pergantian kepemimpinan Desa dengan 10 (Sepuluh) nama-nama pemimpin / Kepala Desa yang secara periodik diurutkan sebagai berikut :
- Tahun 1960-1965 : Ahmad Lipa Lebu
- Tahun 1966-1970 : Kamilus Gara Taran
- Tahun 1971-1976 : Rofinus Raka Tokan
- Tahun 1977-1981 : Gabriel Gole Hoda
- Tahun 1981-2001 : Petrus Mangu Raran
- Tahun 2002-2007 : DK Riang Hepat
- Tahun 2007-2010 : Rofinus Raran Laba(Penjabat)
- Tahun 2010-2016 : Kasman L. Gorantokan
- Tahun 2016-2017 : Kalis Kopong Sani (Penjabat)
- Tahun 2017-2023 : Samsudin Samon Deran, S.Sos
- Tahun 2023-sekarang : Agustinus Laga Bali, S.IP (Penjabat)